O município de São Miguel foi criado pelo Decreto-Lei nº 11/V/96 de 11 de Novembro, na altura, o sexto município da ilha de Santiago e o décimo sétimo da república de Cabo Verde, resultado do desmembramento do Concelho do Tarrafal, do qual fazia parte integrante e tem a sua sede administrativa na Cidade de Calheta.

A Câmara Municipal é um órgão executivo colegial dos municípios em Cabo Verde, e a de São Miguel é constituída por um presidente e seis vereadores, todos eleitos nas listas do MPD. O número de vereadores varia em função do numero de população do município. 

A Assembleia Municipal é um órgão deliberativo dos municípios em Cabo Verde, e a de São Miguel é constituída por 17 Deputados Municipais, doze eleitos nas listas do MPD - Movimento para Democracia e cinco eleitos nas listas do PAICV - Partido Africano para Independência de Cabo Verde. A mesa da Assembleia Municipal é constituída por um presidente, um vice-presidente e um secretário eleitos por escrutínio secreto pela Assembleia Municipal.