Inaugurada a 24 de março de 1963, foi edificada pelo padre suíço Sr. Cretaz, que iniciou a sua missão no país em 1947. Inicialmente residia na Igreja Matriz na Ribeira de São Miguel, mas, devido às poucas condições de higiene, transferiu-se para Calheta onde veio a construir a nova Igreja. 

Com essa transferência nasceu a lenda de que o santo padroeiro, por não se sentir em casa nas novas instalações, sempre aparecia nos arredores da igreja de Ribeira de São Miguel. Daí, o padre decidir comprar uma outra imagem do santo padroeiro em Portugal. Assim S. Miguel ganhou duas Igrejas com o mesmo nome. Na Ribeira de São Miguel a festa acontece a 8 de maio, enquanto na Calheta dá-se a 29 de setembro, data essa também passou a ser o dia do município, após a sua criação em 1996.